L’Institut d’Archéologie Classique de la Faculté de Sciences Historiques conserve la collection constituée à partir de 1872 par Adolf Michaelis, premier titulaire de la chaire d’Archéologie Classique, dans un but essentiellement pédagogique. Elle était à l’origine exposée sur une surface avoisinant les 1500 m² au premier étage du Palais Universitaire.
Cette collection donne un large aperçu de l’art et de l’artisanat antique puisqu’elle est constituée de près de 600 objets allant de l’Age de Bronze à la période romaine tardive. Il s’agit principalement de vases en terre cuite originaires de grands sites archéologiques méditerranéens.
S’y ajoute une collection de photographies anciennes et d'ouvrages.
Le fonds Adolf Michaelis présente un ensemble de 1500 clichés d’un grand intérêt, qui ont été effectués en partie par des pionniers de la photographie. Elle présente de précieuses vues de sites archéologiques aujourd’hui totalement reconstruits lors de travaux de restauration, de sites détruits ou dégradés depuis, et des vues urbaines anciennes.
Enfin, la collection de moulages en plâtre est la première collection universitaire de France. Parmi les 800 pièces qui la constituent, on trouve aussi bien des pièces exposées dans les grands musées européens, que des pièces découvertes lors des grandes fouilles de la fin du xixe siècle. Par sa diversité, cette collection a aujourd’hui une vocation pédagogique, mais aussi expérimentale (reconstitution, recherches sur la polychromie). Elle représente aujourd’hui un patrimoine historique et archéologique d’une valeur inestimable. La gypsothèque, exposée au rez-de-jardin du Palais universitaire, fait l’objet, depuis 2014, d’une rénovation ambitieuse due en grande partie à l’action d’une association créée depuis 2015 par des étudiants : l’Association des Amis du Musée Adolf Michaelis (AMAM).